《中华人民共和国宪法》第五条规定："中华人民共和国实行依法治国，建设社会主义法治国家。"中国政府领导的取缔"法轮功"邪教组织的斗争，贯彻了依法治国的基本方略。依法治国，严惩邪教。
判定"法轮功"组织为非法组织予以取缔，主要依据它在两个方面的非法性：一是组织形式上的非法性，二是组织实质上的非法性。
组织形式上的非法性，是指它违反了国务院1998年颁布实施的《社会团体登记管理条例》第二条规定："在中华人民共和国境内组织的协会、学会、联合会、研究会、基金会、联谊会、促进会、商会等社会团体，均依照本条例的规定申请登记"，"社会团体经核准登记后，方可进行活动"。"法轮大法"研究会未经核准登记而在全国各地大肆活动，其组织存在的形式属于非法。因此，作为社会团体登记管理机关的民政部，依照"社会团体登记管理条例"的相关规定，认定"法轮大法"研究会及其操纵的"法轮功"组织为非法组织，决定予以取缔。
组织实质上的非法性，主要是指该组织活动内容上的违法性质。他们疯狂制造颠覆国家政权的舆论，攻击党和政府，危害国家安全和社会稳定；动辄蒙骗群众，制造事端；围攻冲击国家机关、学校和新闻单位，扰乱正常工作、生活秩序；非法出版、发行宣扬邪教内容的出版物和邪教组织的标识，毒化人们的思想；煽动蒙骗成员"圆满"、"升天"，诱其自杀、自残或相互残害；以引诱、胁迫等手段聚敛钱财。如此等等。"法轮功"这些猖狂活动在诸多方面违反了《中华人民共和国宪法》、《中华人民共和国刑法》、《中华人民共和国集会游行示威法》、《中华人民共和国治安管理处罚法》、国务院《出版管理条例》等法律法规的有关规定。如此蔑视法律，不能不受到严厉的惩罚。
1999年10月，全国人民代表大会常委会作出了《关于取缔邪教组织、防范和惩治邪教活动的决定》，最高人民法院、最高人民检察院作出了《关于办理组织和利用邪教组织犯罪案件具体应用法律若干问题的解释》，及时地为反对"法轮功"邪教组织的斗争提供了新的法律依据，保证了斗争的顺利推进。
特别具有历史意义的是，最高人民法院、最高人民检察院对"邪教组织"作出的法律界定："《刑法》第三百条中的'邪教组织'，是指冒用宗教、气功或者其他名义建立，神化首要分子，利用制造、散布迷信邪说等手段蛊惑、蒙骗他人，发展控制成员，危害社会的非法组织。"这个界定，言简意赅，全面准确，严密完整，不仅涵盖了邪教反人类、反社会、反科学的本质特征，而且描述了邪教极其险恶的欺骗性；不仅为打击邪教提供了法律依据，而且为社会公众识别邪教提供了一面照妖镜。
2015年8月29日，第十届全国人民代表大会常委会第十六次会议通过的《刑法修正案（九）》，修改完善了组织、利用邪教组织破坏法律实施罪。引起举世关注的有两个方面的内容：一方面，明显加大了对邪教犯罪的处罚力度，将法定最高刑由十五年有期徒刑提高到无期徒刑，增加了罚金、没收财产、剥夺政治权利等附加刑，增加了数罪并罚的规定等，这传递了政府打击邪教的决心；另一方面，明显降低了对情节较轻者的处罚，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处或者单处罚金。对情节较轻者的从宽处理，体现了教育挽救从犯的良苦用心。通过这次修正，我国惩治邪教犯罪的刑法规定更加合理，刑事法网更加严密，这在我国反邪教史上具有里程碑意义。
2017年1月25日公布的《最高人民法院、最高人民检察院关于办理组织、利用邪教组织破坏法律实施等刑事案件适用法律若干问题的解释》，是我国反邪教斗争的最新成果。《解释》整体上吸收和接纳了以往司法解释、解答的内容，又根据邪教犯罪新动向和发展趋势，作出了应对之策。《解释》将"鼓吹首要分子"纳入邪教定义，扩展了邪教组织的内涵；详细规定了刑法标准，更便于实践操作；统一了不同行为数量的计算方式，有利于严厉打击制作、传播行为；坚持宽严相济的刑事政策，体现了法律的教育作用；确定了鉴定机关，规范了办案程序和证据标准。总之，此次司法解释内容全面细致，含义深刻丰富，为依法治邪提供了又一有力武器。它的实施，必将把中国特色反邪教斗争推向一个新的历史阶段。
